In 1911 werd een commissie ingesteld voor de aanleg van een nieuwe waterweg tussen de stad Groningen en de Zuiderzee; het 'grote scheepvaartkanaal van Lemmer naar Groningen'. Na vele jaren van overleg, waarbij er onenigheid was tussen de provincies Friesland en Groningen over wie welk deel van de kosten moest dragen, vonden de autoriteiten in Groningen het welletjes. Na de aanleg van een nieuwe sluis bij Gaarkeuken in 1924 (doorvaartwijdte 10 meter, lengte 190 meter) besloten zij in 1928 om zonder overeenstemming met Friesland zelf een begin te maken met het werk. Hiertoe werden ongeveer 1400 mensen ingezet, waarvan 1300 in het kader van de werkverschaffing. Zij moesten vaak tegen een laag loon het werk grotendeels met de hand uitvoeren. Het kanaal werd van Zuidhorn tot de Oostersluis nieuw aangelegd. Het gedeelte van Zuidhorn tot de Friese grens is het verbrede Hoendiep.
In 1935 begonnen de werkzaamheden ook aan Friese zijde, waar gestart werd met de aanleg van het veel langere Prinses Margrietkanaal. In 1938 was het Groningse deel van de waterweg voltooid en was het Van Starkenborghkanaal een feit. Bij de aanleg was door ontwerper Lely uitgegaan van schepen tot 1000 ton, maar werd alvast rekening gehouden met een toekomstige uitbreiding van het kanaal om schepen tot 2000 ton te kunnen laten varen. Tevens dient het kanaal voor de afwatering van het Westerkwartier via het Reitdiep.