Het seizoen 1958/1959 was het vijfde jaar in het bestaan van de Heerenveense betaald voetbalclub Heerenveen. De club kwam uit in de Tweede divisie B en eindigde daarin op de 11e plaats. Tevens deed de club mee aan het toernooi om de KNVB beker, hierin werd in de vierde ronde verloren van HVC (1–4).