In tegenstelling tot andere routes in het MTR metro systeem is het overgrote deel van de Tung Chung line bovengronds. De lijn deelt een groot deel van de route het spoor met de Airport Express en splitst in Tung Chung.
Na een tunnel onder Tsing Yi Island gaat de route over de twee bruggen Tsing Ma-brug en Kap Shui Mun brug, ook wel Lantau-link genoemd. De route loopt over Lantau, parallel aan de North Lantau Expressway via Sunny Bay. De Airport Express trein splitst vlak voor de stad Tung Chung. De route van de Tung Chung line eindigt bij station Tung Chung
Sommige uitgaande treinen hebben hun eindstation in Tsing Yi en reizen niet door naar Tung Chung. Dit heeft te maken met een capaciteitsrestrictie op de Tsing Ma-brug. Op deze brug is maximaal 1 trein toegestaan in verband met veiligheidsredenen.[2]