Station Dukenburg werd geopend op 2 juni 1973. Het eerste stationsgebouw werd pas in 1986 gebouwd (architect: P.A.M.J. Corbey). Deze architect ontwierp ook de stations Ede-Wageningen, Hoofddorp en Helmond. In 1996 werd een nieuw gebouw van de architect Th.J.B. Fikkers in gebruik genomen.[3] Het oude gebouw is behouden.
's Avonds na 20:00 en op zondag wordt er niet tussen Nijmegen en Wijchen v.v. gereden en wordt 1x per uur gereden tussen Arnhem Centraal en Zutphen v.v.