Manson is de middelste van drie kinderen. Ze begon met pianospelen toen ze zeven jaar was, later ging ze naar de City of Edinburgh Music School, waar ze zich ook bij de theatergroep aansloot. Op school werd ze regelmatig gepest en leed ze aan automutilatie.
Ze werkte voor korte tijd in een winkel. Haar eerste bands waren Autumn 1904 en Wild Indians. In 1983 sloot ze zich aan bij de band Goodbye Mr. Mackenzie als keyboardist en achtergrondzangeres. Ze bleef tien jaar bij deze band tot deze uiteenviel. Twee bandleden en Manson richtten toen Angelfish op, met Manson als leadzangeres. Ze brachten een album uit met één single, 'Suffocate Me'. Dit trok de aandacht van de leden van Garbage, die - na twee audities in 1994 - aan Manson vroegen zich bij de band aan te sluiten. Sindsdien is ze de frontvrouw van Garbage.
Als actrice speelde Manson in 2008 in de serie Terminator: The Sarah Connor Chronicles de rol van Catherine Weaver, CEO van technologiebedrijf ZeiraCorp en tevens een Terminator type T-1001. Na deze serie had ze nog enkele kleine rollen, onder andere in de film Knife Fight.