Onder leiding van tweedejaars trainer-coach Gertjan Verbeek eindigde sc Heerenveen op de zevende plaats in de eindrangschikking. In het bekertoernooi verloor de club in de kwartfinale op eigen veld van Ajax (0-3) door treffers van Mauro Rosales, Klaas-Jan Huntelaar en Urby Emanuelson. Topscorer van sc Heerenveen in het seizoen 2005-2006 werd aanvaller Klaas-Jan Huntelaar met 17 doelpunten, ook al vertrok hij in de winterstop naar Ajax.