In tegenstelling tot de 14 clubs tijdens het vorige seizoen nemen er in 2013 slechts 12 clubs deel aan de Premjer-Liga. Wegens financiële problemen habben Qaysar FK Qızılorda en FK Ile-Saulet, kampioen van de Pervoj Liga in 2012, zich teruggetrokken.
De 12 clubs spelen twee onderlinge wedstrijden, één thuis en één uit, waarbij na 22 wedstrijden de nummers 1 tot en met 6 verder spelen in een "Kampioenenronde", en de nummers 7 tot met 12 in een "Degradatieronde". Het aantal punten uit de eerste ronde wordt bij aanvang van de tweede ronde gehalveerd en waar nodig naar beneden afgerond.