Later keerde hij terug naar zijn geboortestreek. In 1796 richtte hij de zoölogische tuin van Rodez op en in 1797 werd hij hoogleraar aan de École centrale de l'Aveyron.[1]
Bonnaterre onderzocht ook de omstandigheden en achtergrond van Victor van Aveyron, het enfant sauvage dat in 1800 in Aveyron was gevonden en naar Rodez gebracht.[2]