Keizerin Elisabeth hielp haar broer bij het regelen van zijn huwelijk. Hij was namelijk geïnteresseerd in prinses Amalie van Saksen-Coburg en Gotha, de dochter van prins August van Saksen-Coburg en Gotha en prinses Clementine van Orléans. Leopold van Beieren was ook geïnteresseerd in prinses Amalie, maar Elisabeth regelde een huwelijk tussen Leopold en haar dochter Gisela. Het huwelijk tussen Maximiliaan Emanuel en Amalie werd in 1875 te Wenen voltrokken. Uit het huwelijk werden drie zonen geboren:
Siegfried August Maximilian Maria (1876-1952), bleef ongehuwd
Christoph Joseph Clemens Maria (1879-1963), in 1924 gehuwd met Anna Sibig (1874-1958)
Luitpold Emanuel Ludwig Maria (1890-1973), bleef ongehuwd.