Na de restauratie van 1814 werd Ferdinand III keurvorst van het Aartsbisdom Salzburg en daardoor verhuisde de familie naar Würzburg. Maria Theresia trad op 3 september1817 in het huwelijk met Karel Albert van Sardinië, de bruiloft werd gevierd in de kathedraal van Florence op 2 oktober. Uit het huwelijk werden drie kinderen geboren.
Haar man, Karel Albert, trad af als koning op 23 maart1849. Na de dood van haar man op 28 juli 1849 te Porto, in Portugal, weigerde Maria Theresia zich nog in het openbaar te vertonen en keerde ze in 1851 terug naar Toscane waar ze vier jaar later op 12 januari1855 stierf. Ze werd bijgezet in de basiliek van Superga in Turijn. Ze was erg (rooms-)katholiek en zeer conservatief, Maria Theresia had een grote invloed op haar oudste zoon.