De marathon van Eindhoven 2016 werd gelopen op zondag 9 oktober 2016. Het was de 33e editie van deze marathon.
De wedstrijd bij de mannen werd gewonnen door de KeniaanFestus Talam in 2:06.26. Hij versloeg zijn landgenoot Marius Kipserem, die in 2:08.00 over de finish kwam. De eveneens uit Kenia afkomstige Norbert Kigen werd derde in 2:09.19. Bij de vrouwen ging de Keniaanse Truphena Chepchirchir met de hoogste eer strijken. Zij won de wedstrijd in 2:30.32.