In 2006 stopte Pernía met voetballen en keerde hij terug naar Argentinië, waarbij hij twaalfde werd in de TC Pista in een Chevrolet. Ook nam hij deel aan drie races van de TC2000 in een Honda. Het daaropvolgende seizoen reed hij in twee TC Pista-races, de helft van het TC2000-seizoen in een Fineschi Honda en de rest van het jaar in een fabrieks-Honda, waarbij hij als dertiende in het kampioenschap eindigde.
De daaropvolgende jaren bleef Pernía voor Honda rijden, waarbij hij in 2009 en 2011 als derde en in 2010 en 2013 als tweede eindigde. Ook reed hij in de Turismo Nacional Argentinië in 2008 en in de Top Race V6 en Turismo Carretera sinds 2009. In 2009 won hij ook de Drivers Masters-kartrace in downtown Buenos Aires.