Krasniqi werd geboren in Kosovo, maar verhuisde als kind naar België.[1] Hij begon met voetballen in een vluchtelingenkamp in Libramont.[1] De bazin van het vluchtelingenkamp merkte zijn talent op, waarna Krasniqi via haar echtgenoot bij een ploegje in de buurt terecht kon.[1] Toen de familie Krasniqi op een bepaald moment het land uit moest, doken ze een tijdje onder.[1] Uiteindelijk raakten de papieren wel in orde, waarna de familie zich in Deurne installeerde.[1] Krasniqi's eerste club in Antwerpen was KSC Maccabi-Voetbal Antwerp, maar uiteindelijk sloot hij zich als jonge tiener aan bij de jeugdopleiding van Antwerp FC na een geslaagde test op een open talentendag.[1][2]
In april 2021 ondertekende hij er een contract voor een seizoen met optie.[2] In januari 2022 mocht hij mee met de A-kern op winterstage naar Alvor nadat enkele A-kernspelers noodgedwongen afhaakten.[3]
Antwerp FC
Op 22 mei 2022 maakte Krasniqi zijn officiële debuut in het eerste elftal van Antwerp: op de slotspeeldag van de Champions' Play-offs liet trainer Brian Priske hem in de 0-1-zege tegen Union Sint-Gillis in de blessuretijd invallen voor Koji Miyoshi.[4] In juli 2022 nam trainer Mark van Bommel hem op in de selectie voor de zomerstage van de A-kern in Oostenrijk.[5] Op 21 juli 2022 mocht Krasniqi, die een paar dagen eerder de hele wedstrijd op het veld had gestaan in de oefenwedstrijd tegen Dynamo Kiev, starten in de Conference League-kwalificatiewedstrijden tegen FC Drita, mede door de onbeschikbaarheid van Sam Vines en Jelle Bataille.[1][6] Een week na de heenwedstrijd, die op 0-0-eindigde, kreeg Krasniqi in zijn geboorteland Kosovo opnieuw een basisplaats. De verdediger vertolkte er een heldenrol door vroeg in de tweede helft de 0-1 binnen te koppen.[7][8]
In september 2022 brak Antwerp het contract van Krasniqi, die in augustus mocht invallen in de Conference League-kwalificiatiewedstrijd tegen Lillestrøm SK, open tot 2025.[9] Daarna mocht hij in het seizoen 2022/23, waarin Antwerp de dubbel veroverde, enkel nog aantreden in de bekerwedstrijd tegen SK Beveren op 10 november 2022.[10] Krasniqi speelde dat seizoen wel ook negentien competitiewedstrijden voor Young Reds, het beloftenelftal van Antwerp in Eerste nationale.[11]
Roda JC
In augustus 2023 werd Krasniqi voor een jaar uitgeleend aan de Nederlandse tweedeklasser Roda JC.[12]