Als klein jongetje was hij lid van de plaatselijke kerkkoor. Hij studeerde bij Urbán de Vargas en Jerónimo de la Torre organisten van de Kathedraal van Valencia het orgelspel. Op 15 mei1665 werd hij op 20-jarige leeftijd als tweede organist van de Kathedraal van Valencia. In 1666 werd hij na de dood van Andreu Peris tot eerste organist benoemd en bleef in deze functie tot zijn overlijden. Cabanilles Barberà kan als de bekendste Valenciaanse componist van de 17e eeuw beschouwd worden. Hij leidde ook het jongenskoor van de kathedraal.
Op 22 september1668 werd hij tot priester gewijd.
De orgelmuziek van Cabanilles is het toppunt van de grote Iberische organistentraditie van de 16de en 17de eeuw. Zijn muziek is typisch Spaans. Hij bouwt verder op de evolutie en de ontwikkeling van de Spaanse muziek van de renaissance, maar nu in de stijl van de barok. In zijn orgelwerken toont hij zich een meester van de variatiekunst. Met zijn tientos en passacalles exploreert hij de felle kleuren van het Iberische orgel. Zijn tientos, het merendeel van zijn composities, zijn het hoogtepunt van deze Spaans-Portugese muzikale vorm. Door zijn onbegrensde virtuositeit, bizarre harmonieën, aangename dissonanten en onregelmatige vormen krijgt het woord 'barok' bij deze Valenciaanse meester zijn ware betekenis.
Composities
Werken voor banda (harmonieorkest)
Batalla Imperial
Allegro moderato
Allegretto grazioso
Allegro con brio Doppio piu lento
Un poco maestoso
Toccata en Do Mayor
Missen en geestelijke muziek
Misa a seis voces
Magnificat a 12 voces
Villancico a 15 voces divididas en cinco coros
Werken voor orgel
Gallardas I
Corrente italiana
Diferencias de Folias
Gallardas
Gaillarda (I tono)
Gaillarda (IV tono)
Gallardas V
Gaitilla (V tono)
Pasacalle I
Pasacalles II de I tono
Pasacalles de I Tono
Pasacalles de IV Tono
Tiento por Alamire
Tiento sobre "Ave Maris Stella"
Tiento "Batalla Imperial"
Tiento de batalla en punto bajo
Tiento de Batalla partido de mano derecha
Tiento de I Tono
Tiento de contras (I tono)
Tiento del I tono en tercio a modo de Italia
Tiento (III tono)
Tiento de IV tono lleno
Tientos de V tono (sobre la Misa de Angelis)
Tiento lleno de V tono (65 Anglés)
Tiento pos B quadrado (V tono)
Tiento de VI Tono
Tiento de dos baixos (VII tono)
Tiento de Batalla (VIII tono)
Tiento XVI
Tiento XVIII de falses
Tiento XXXIII de falses
Xácara
Xácara de I Tono
Xacara para clave solo
Tocata de II Tono
Toccata mano izquierda
Versos para órgano
La Sonata para teclado
Vocale muziek
Ah, de la Region celeste, voor 13 vocale stemmen
¡Arroyuelo, no huyas!
Mortales que amáis (Tono al Stmo. Sacramento), voor sopraan, mezzosopraan, tenor, twee gitaren, viola da gamba, barokcello en castagnetten
El galán que ronda las calles, al Santísimo Sacramento, voor sopraan, klavecimbel en fluit
Pange lingua
Publicaties
Arsenio Garcia-Ferreras: Juan Baptista Cabanilles. Sein Leben und Werk (Die Tientos für Orgel) (Disertación). Bosse, Regensburg. 1973. 184 p. ISBN 37-649-2086-6.
M. Roubinet: «Juan Cabanilles», en: Gilles Cantagrel (dir.), Guide de la musique d’orgue. Éditions Fayard. 1991. ISBN 2-213-02772-2
Josep-Antoni Domingo i Borràs: Recerca biogràfico-documental sobre la família de l'organista Joan Baptista Josep Cabanilles i Barberà. Regidoria de Cultura Ajuntament d'Algemesí. 1994. 34 p.
Josè Maria Llorens Cisterò: Joan Baptista Cabanilles - mùsico valenciano universal. Asociaciòn Cabanilles de Amigos del Organo, Valencia. 1981. 210 p.