Middels de erfaanspraken van zijn moeder verwierf Filips Theodoor Kinzweiler, Engeldorf, Frechen und Bachem in de Eifel. Hij maakte verschillende reizen naar Frankrijk en Italiƫ en stond een periode als militair in dienst van de Nederlanden.
In 1639 overleed graaf Floris II van Pallandt, eigenaar van het graafschap Culemborg en de heerlijkheden Wittem en Werth. Via zijn moeder erfde Filips Theodoor deze bezittingen. Na de dood van zijn vader in 1640 werd hij ook regerend graaf in Waldeck-Eisenberg. Na de dood van Christiaan Schenk van Tautenburg in 1640 kwam hij in het bezit van de heerlijkheid Tonna.
Hij resideerde deels in Eisenberg, deels in Culemborg. Over de bezittingen in de Eifel ontstonden langdurige juridische kwesties. Uiteindelijk werden de aanspraken van Waldeck afgekocht.