Het seizoen 2005/06 van FC Utrecht was het 35ste seizoen van deze Nederlandse voetbalclub in het betaald voetbal. De club speelde in de Eredivisie, waarin het het seizoen ervoor op de elfde plaats was geëindigd. FC Utrecht eindigde dit seizoen op de zesde plaats in de eindrangschikking. De club stond voor het vierde jaar op rij onder leiding van trainer-coach Foeke Booy. Hij werd bijgestaan door oud-aanvaller John van Loen.
FC Utrecht werd eind november opgeschrikt door de plotselinge dood van verdediger David di Tommaso. De uit Frankrijk afkomstige voetballer overleed in de nacht van maandag 28 november op dinsdag 29 november op 26-jarige leeftijd in zijn woning in De Meern. Een acute hartstilstand was de oorzaak van zijn plotselinge overlijden. Rugnummer 4, het shirtnummer van Di Tommaso, werd na zijn dood niet meer gebruikt bij de voetbalclub. Twee dagen na zijn overlijden hield FC Utrecht een herdenkingsdienst in het stadion[1].
FC Utrecht speelde op vrijdag 23 maart2007 in het eigen stadion Galgenwaard de 'David di Tommaso Memorial Match' tegen de Franse club AS Monaco[2]. De netto-opbrengst van deze wedstrijd ging naar de nabestaanden van de verdediger. Di Tommaso, die in korte tijd uitgroeide tot een belangrijke steunpilaar bij FC Utrecht, was bezig aan zijn tweede seizoen. Aan het einde van zijn eerste jaar werd hij door de supporters verkozen tot speler van het jaar. Eerder zijn al verschillende herdenkingen voor hem georganiseerd. Hij maakte in het seizoen 1998/1999 zijn competitiedebuut bij AS Monaco. Twee seizoenen later stapte hij over naar CS Sedan, voordat hij in 2004 overstapte naar FC Utrecht.
In het bekertoernooi ging FC Utrecht in de derde ronde verrassend onderuit tegen eerstedivisionist VVV-Venlo. De ploeg uit Noord-Limburg won na verlenging met 2-1 in stadion Galgenwaard. Doelman Franck Grandel leidde met een blunder de nederlaag in. Hij stompte in de 15de minuut een bal voor de voeten van Leon Kantelberg en die schoot meteen raak: 0-1. De veelbekritiseerde Utrecht-goalie maakte zijn fout in het vervolg van de wedstrijd ruimschoots goed met enkele goede reddingen. Marc-Antoine Fortuné bracht de thuisploeg in de 52ste minuut nog op 1-1, maar verder kwam de bekerwinnaar van 2003 en 2004 niet. Tien Utrecht-spelers bogen het hoofd door een doelpunt van Luwamo Garcia in de tweede minuut van de verlenging:1-2. Verdediger Etienne Shew-Atjon kreeg in de 92ste minuut van de reguliere speeltijd zijn tweede gele kaart.
De club nam in de winterstop afscheid van middenvelder Stefaan Tanghe. De Belg verruilde FC Utrecht per 1 januari voor Heracles Almelo. De 33-jarige middenvelder tekende in Almelo een contract voor anderhalf seizoen. Voor FC Utrecht speelde Tanghe op 29 december zijn laatste wedstrijd: uit tegen RBC Roosendaal (1-2). Hij speelde met de Utrechtse club drie bekerfinales, waarvan er twee werden gewonnen. Ook won hij met Utrecht de Johan Cruijff Schaal. Momenteel kan Tanghe bij FC Utrecht niet meer rekenen op een basisplaats. Hij kreeg van de club een vrije transfer[3].
Aanvoerder Jean-Paul de Jong werd aan het einde van het seizoen door de supporters verkozen tot Speler van het Jaar.
Bijgaand een overzicht van de spelers die FC Utrecht vertegenwoordigden in de Eredivisie in het seizoen 2005/06 en op de zesde plaats eindigden in de eindrangschikking. Onderstaande cijfers zijn inclusief de twee barragewedstrijden tegen FC Twente.
Zie Eredivisie 2005/06 voor het hoofdartikel over dit onderwerp.-Flag.svg){kind=small}
· 
· 
.svg){kind=small}
