Het seizoen 1965/1966 was het 12e jaar in het bestaan van de Eindhovense betaald voetbalclub Eindhoven. De club kwam uit in de Eerste divisie en eindigde daarin op de 10e plaats. Tevens deed de club mee aan het toernooi om de KNVB Beker, hierin werd het team in de groepsfase uitgeschakeld.