Voor planten ligt dit iets moeilijker, een enkele merker is doorgaans niet genoeg, en daarom worden bij planten naast de chloroplastmerkers ook nog andere merkers uit DNA van de celkern of uit de ribosomen gebruikt.
Voor DNA-barcoding bij dieren wordt algemeen het CO1-gen of "cytochroom c oxidase subunit1"-gen gebruikt. Bij planten zijn de 2 belangrijkste merkers matK en rbcL, en wordt als aanvulling bijvoorbeeld ITS gebruikt.
Nederland
Naturalis bepaalt de DNA-barcode van zoveel mogelijk Nederlandse planten, dieren en schimmels met als doel een collectie op te bouwen van correct geïdentificeerde soorten met hun DNA barcodes. Per soort wordt van ten minste drie exemplaren de DNA-barcode bepaald.