Filiger werd in eerste instantie beïnvloed door Emile Bernard, maar zijn karakteristieke abstracte, soms bijna simplistische vormgebruik, maakte hem tot een buitenbeentje in Pont-Aven, waar zijn collega-schilders voornamelijk schilderden in een post-impressionistische stijl. Later zou zijn werk worden ingedeeld bij het symbolisme. Hij vond zijn thema's in bij de kust en op het platteland van Bretagne, maar koos ook vaak voor mystieke onderwerpen, in de traditie van de Italiaanserenaissance-schilders. In zijn tekening van gezichten legt hij opvallend weinig expressie.
Na het vertrek van Gauguin uit Pont-Aven, in 1895, viel de kolonie uit elkaar. Filigers aanvankelijke succes liep terug en nadat La Rochefoucauld zijn toelage had gestopt raakte hij in armoede. Hij kreeg problemen met alcohol en drugs en verbrak het contact met vrijwel al zijn vrienden. Hij woonde in diverse kleinere plaatsen in Bretagne, vaak in herbergen en hotels, en overleed uiteindelijk in 1928, na een opname voor zijn alcoholisme, te Brest.