Dit schema toont de 16 langst overgebleven clubs en de wedstrijden vanaf de 1/8ste finales. De 1/8ste finales worden net als de voorgaande rondes in één wedstrijd beslist. De kwartfinales en halve finales worden gespeeld met een thuis- en uitwedstrijd; de scores van beide wedstrijden worden telkens weergeven. De finale wordt gespeeld in één wedstrijd op neutraal terrein. Voor het eerste in 17 jaar werd de top-3 uit de competitie al voor de kwartfinale uitgeschakeld, zijnde RSC Anderlecht, Standard Luik en Club Brugge.
Na de clubnaam wordt tussen haakjes in Romeinse cijfers weergeven in welke klasse de ploeg speelt. Een P. voor het cijfer betekent dat het om een provinciale klasse gaat. Bij de eersteklassers op het eind wordt het cijfer weggelaten.
In de Belgische provincies worden provinciale bekertoernooien georganiseerd door de Provinciale Comités. Aan deze toernooien nemen clubs uit de provinciale reeksen deel. Afhankelijk van de organisatie in de provincie worden de clubs die het verst raken in deze bekertoernooien geselecteerd voor de echte nationale Beker van België. Deze clubs worden dan vaak nog aangevuld met de best gerangschikte eersteprovincialers.
1ste ronde
In deze eerste ronde treden naast de clubs die zich kwalificeerden uit de provincies ook de vierdeklassers van het vorige seizoen aan. Daartoe behoren dus ook de clubs die pas naar Derde klasse promoveerden, maar niet de clubs die pas uit Derde Klasse naar Vierde Klasse zijn gezakt.
In de 1/16de finales worden de clubs uit Eerste Klasse bij de winnaars van de vorige ronde gevoegd voor 16 duels. Door de geleide loting komen geen eersteklassers tegen elkaar uit, met uitzondering van de twee neo-eersteklassers KV Kortrijk en AFC Tubize.
De finale vond plaats op 23 mei2009 in het Koning Boudewijnstadion. De finalisten waren KV Mechelen en Racing Genk. Voor Genk kon de beker een mooi seizoenseinde betekenen, nadat die club als een van de topclubs in België slechts een achtste plaats in de competitie had gehaald. Voor KV Mechelen was het de eerste bekerfinale sinds 1992 en een nieuwe heropleving van de club, die de eerste seizoenen van de 21ste eeuw wegens financiële moeilijkheden dreigde te verdwijnen.
· 
· 
.svg){kind=small}
