De naam danken de paviljoens aan de locatie waar ze stonden, het Karlsauepark. De Aue Paviljoens werden tijdens de Documenta IX gebruikt als tentoonstellingsruimte en waren bedoeld als tijdelijke locatie. Na afloop van de Documenta IX werden de Aue Paviljoens verwijderd uit het park. Het gebouw werd gekocht door de gemeente Almere en in 1994 in overleg met de architecten geplaatst in de Nederlandse stad. Van 1994 tot 2013 dienden De Paviljoens daar als locatie voor Museum De Paviljoens. De gebouwen werden in 2013 gekocht door ontwikkelaar en belegger Schipper Bosch. Sinds 2014 worden ze onder de naam De Nieuwe Stad Paviljoens gebruikt als onderkomen voor ondernemers in De Nieuwe Stad in Amersfoort.