Dalam rangka melakukan perbaikan manajemen birokrasi dilakukan reformasi birokrasi yang meliputi kelembagaan dan ketatalaksanaan, sumber daya manusia, dan pengawasan dalam melaksanakan tugas umum pemerintahaan dan pembangunan. Audit kelembagaan diharapkan dapat memperjelas dan mempertegas fungsi birokrasi pemerintah di pusat, propinsi, dan kabupaten. Sekaligus dapat memudahkan untuk menentukan patokan standar pelayanan minimal, serta standar kualitas pelayanan dan prosedurnya. Pemerintah berusaha mewujudkan pemerintahan yang bersih dan berwibawa atau yang dikenal dengan good governance. Salah satu prinsip good governance adalah akuntabilitas yang menggambarkan suatu keadaan atau kondisi yang dapat dipertanggungjawabkan. Sistem Akuntabilitas Instansi pemerintah diatur dalam Peraturan Presiden No. 29 Tahun 2014 sedangkan pedoman teknis penyusunan perjanjian kinerja diatur dalam Peraturan Menteri PAN-RB No. 53 tahun 2014. Perjanjian Kinerja Kementerian Kesehatan telah disusun dengan berpedoman pada Rencana Strategis Kemenkes tahun 2015-2019. Penyusunan perjanjian kinerja merupakan bagian tak terpisahkan dari pelaksanaan akuntabilitas kinerja instansi pemerintah di lingkungan Kementerian Kesehatan.