Varietas Mutiara 3 merupakan salah satu varietas unggul kedelai yang dihasilkan melalui teknik mutasi radiasi. Pengembangan varietas kedelai unggul nasional harus didukung oleh teknologi pemupukan seperti pemanfaatan teknologi pupuk hayati. Penggunaan pupuk hayati rhizobium perlu memperhitungkan aspek kesesuaian antara bakteri Rhizobium yang diaplikasikan dengan varietas tanaman kedelai. Penelitian ini dilakukan untuk mengetahui pengaruh kombinasi rhizobium dan mikroba pelarut fosfat  terhadap tanaman kedelai varietas Mutiara 3. Seleksi isolat rhizobium dilakukan dengan melihat pola dan kecepatan tumbuh dalam media manitol ekstraks khamir, dan menguji secara invivo pada tanaman kedelai. Pengujian mikroba pelarut fosfat dilakukan dengan mengukur kelarutan P pada media cair Pikovskaya dengan metode fosfat biru molibdate. Hasil penelitian menunjukkan bahwa dari empat jenis isolat, bakteri Rhizobiumisolat R1 sesuai untuk kedelai varietas Mutiara 3, dan secara signifikan meningkatkan bobot kering tanaman sebesar 19.75% dan serapan N sebesar 25.88% dari kontrol. Mikroba pelarut fosfat FPF4 mampu meningkatkan kelarutan P paling tinggi dalam media cair Pikovskaya sebesar 51.13 kali dari kontrol. Kombinasi Rhizobium dan mikroba pelarut fosfat  mampu mengurangi kebutuhan pupuk kimia sebesar 50%. Selain itu kombinasi rhizobium isolat R1 dan mikroba pelarut fosfat isolat FPF4 mampu meningkatkan bobot kering tanaman kedelai sebesar 41.67% dan serapan N sebesar 196.47% dari kontrol.