Instalasi Pengolahan Air Minum (IPAM) Unit Sewon-Bantul memiliki kapasitas produksi 10 L/det. Permasalahan pada IPAM unit Sewon adalah tingginya kadar mangan (Mn) dalam air baku, bahkan setelah melalui pengolahan hingga didistribusikan ke masyarakat kadar mangan juga masih tinggi. Pada unit filtrasi khususnya, sistem backwash yang digunakan selama ini adalah menggunakan air yang mengandung klorin sehingga dapat mempengaruhi kinerja mikroorganisme. Untuk itulah diperlukan peningkatan kinerja unit pengolahan air bersih pada IPAM unit Sewon agar dihasilkan air bersih yang sesuai dengan standar kesehatan. Metode penelitian yang digunakan adalah pemeriksaan langsung di lapangan dan pengujian yang dilakukan di laboratorium. Pengambilan sampel dilakukan pada lima titik yaitu inlet filter, tiga outlet filter, dan air yang siap didistibusikan. Pada penelitian dilakukan trial dengan mengganti sistem backwash pada salah satu dari tiga unit filtrasi yaitu dengan menggunakan air baku dan memanfaatkan prinsip kinerja mikroorganisme. Dari hasil penelitian menunjukkan bahwa secara umum ketiga unit filter memiliki performance yang sama dalam removal besi (Fe) dan mangan (Mn). Penggantian sistem backwash yang dilakukan tidak memberikan hasil yang lebih baik dibandingkan kinerja kedua unit filter. Operasional dan pemeliharaan unit filter merupakan faktor penting yang menentukan keberhasilan trial yang dilakukan. Selain itu faktor lain yaitu kondisi lingkungan dan media filter yang digunakan juga berpengaruh terhadap kinerja filter. Secara umum kadar besi pada filter telah memenuhi baku mutu sedangkan kadar mangan masih di atas baku mutu yang ditetapkan.