Penelitian ini dilatar belakangi oleh beragamnya agama, budaya, ras, maupun suku di Indonesia. Dalam hal ini Gus Dur sebagai tokoh multikulturalisme mencoba merangkul semua perbedaan tersebut dalam konsep pemikirannya. Tujuan dari penelitian ini adalah menganalisis pemikiran Gus Dur tentang multikulturalisme dan implikasinya terhadap pendidikan agam Islam di Indonesia. Penelitian ini menggunakan penelitian kepustakaan (library research) dengan pendekatan sosio-historis yang berusaha mengungkap idiologi dan biografi tokoh yang dijadikan objek dengan teknik pengumpulan data berupa menganalisis data primer dan sekunder. Hasil penelitian ini menyimpulkan bahwa pemikiran Gus Dur tentang multikulturalisme dapat dilihat dari beberapa aspek: aspek mengenai pribumisasi Islam, nilai-nilai demokrasi dan HAM, prinsip-prinsip humanisme dan pluralitas masyarakat, serta karakteristik multikulturalisme. Semua pemikiran Gus Dur tersebut berimplikasi terhadap pendidikan agama Islam di Indonesia yang dapat dilihat dalam beberapa aspek yaitu: pendidikan agama Islam Berbasis Neormodernisme, pendidikan agama Islam Berbasis Pesantren, pendidikan agama Islam yang beragam, kurikulum, dan metode pendidikan. Kaitannya dengan pesantren, Gus Dur berusaha menginternalisasikan nilai-nilai yang terkandung di dalamnya  dengan konteks zaman tanpa menghilangkan pesan moral pesantren tersebut. Semua pemikiran Gus Dur  tentang pendidikan agama Islam di Indonesia bertujuan untuk menjawab segala tantangan dan kebutuhan masyarakat modern. Elaborasinya dalam konteks sosial menjadikannya sebagai wahana untuk merangkul perbedaan dengan mengedepankan prinsip Persatuan dan Kesatuan demi terwujudnya keselarasan di bawah bingkai Bhineka Tunggal Ika