The objective of this study is to examine the Islamic education in Indonesia seeing from the historical perspective, which is focusing on pesantren and madrasah (Islamic schools) from the colonialism era until new order era. Previously, Islamic education dealt with the spread of Islam (moslem) and the Islamized of Indonesian archipelago. It means that the Islamic education was, first, centralized on mosque, langgar or surau (smaller mosque). Next, it changes into other institutions from pesantren salafiyah into madrasah. The latest one has already adopted and applied the science curriculum and Islamic curriculum from the western classical system and school model, and also the best Islamic schools. All the changes in the Islamic schools bring many implications through the transmission of the Islamic thought which is based on the ilahiyah (tauhid) authority as the creator of human life. Keywords: madrasah, pesantren, Islamic education. Tulisan ini bertujuan mengkaji tentang pendidikan Islam di Indonesia dalam perspektif sejarah, khususnya mengenai pesantren dan madrasah sejak masa Kolonial sampai Orde Baru. Pendidikan Islam pada awalnya berhubungan dengan penyebaran Islam dan Islamisasi Nusantara. Hal ini menyebabkan pendidikan Islam semula berpusat di masjid, langgar, surau yang kemudian berkembang menjadi lembaga pendidikan dalam bentuk pesantren dan madrasah. Pendididikan Islam telah mengalami perubahan dari bentuk pesantren salafiyah kepada bentuk madrasah yang mulai mengadopsi sistem klasikal dan model pendidikan sekolah ala Barat sampai kepada sekolah Islam unggulan. Sementara pendidikan Islam di madrasah yang mulai mengadopsi sistem pendidikan Barat dengan model klasikal dan menerapkan kurikulum pengetahuan umum, di samping kurikulum keislaman. Seluruh perubahan yang berlangsung pada sistem pendidikan Islam membawa berbagai implikasi terutama berkaitan dengan transmisi pemikiran keislaman yang bertumpu pada otoritas ilahiyah (tauhid) sebagai pengatur kehidupan manusia. Kata Kunci: Madrasah, pesantren, pendidikan islam, kolonialisme, orde lama, orde baru.