Pulau Alor merupakan salah satu wilayah yang memiliki aktivitas seismisitas dan tektonik yang tinggi. Perlu adanya perencanaan dan analisis yang baik terhadap bangunan agar mencegah bangunan mengalami kerusakan struktur. Tujuan penelitian ini ialah mengetahui perbandingan respon struktur dengan menggunakan respons pektra PSHA (Probability Seismic Hazard Analysis) dan respon spektra SNI di Pulau Alor yang ditinjau berdasarkan defleksi lateral, total drift dan interstory drift dengan menggunakan software SAP 2000. Hasil analisis yang didapat dari penelitianini ialah pada portal arah X nilai defleksi lateral maksimum terjadi pada lantai yang paling atas pada struktur sebesar 0,0168 m. Sementara pada portal arah Y nilai defleksi lateral maksimum terjadi pada lantai yang paling atas pada struktur sebesar 0,0251 m. Berdasarkan nilai total drift dan interstory drift, gedung termasuk dalam taraf kinerja Immediate Occupancy (IO) dengan Maksimal Total Drift pada portal arah X sebesar 0,0006, sedangkan Maksimal Total Drift pada portal arah Y sebesar 0,0009. Dan Maksimal Interstory Drift pada portal arah X sebesar 0.0004, sedangkan Maksimal Interstory Drift pada portal arah Y sebesar 0,0007. Hasil perbandingan menunjukkan defleksi lateral dengan metode PSHA lebih besar dibandingkan defleksi lateral SNI 2012 dan 2002.Alor island is one of the territory that have high seismic and tectonic activities. There is a need for planning and well analysis on the structure to prevent the building have structural damage. The purpose of this research is to find the comparison of the structure response with use PSHA’s (Probability Seismic Hazard Analysis) spectrum response and SNI’s spectrum response in Alor island that observed from lateral deflection, total drift and interstory drift by use SAP 2000 software. The result of this analysis is the maximum lateral deflection values on X axis’s frame at the highest story on the structure is 0,0168 m. While the maximum lateral deflection values on Y axis’s frame at the highest story on the structure is 0,0251 m. Based on the total drift and interstory drift values, the building can be include in Immediate Occupancy (IO) performance level with the maximum total drift for X axis’s frame is 0,0006 , while the maximum total drift for Y axis’s frame is 0,0009. And the maximum interstory drift for X axis’s frame is 0,0004 , while the maximum interstory drift for Y axis’s frame is 0,0007. The result of the comparison shows that the lateral deflection with PSHA’s method is bigger than the SNI 2012’s and SNI 2002’s lateral deflection.