Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui proses pelaksanaan dana otonomi khusus, upaya – upaya apa yang dilakukan pemerintah daerah, serta faktor – faktor penghambat dalam proses pelaksanaan dana otonomi khusus tersebut. Hasil penelitian: Pertama, proses pelaksanaan dana otonomi khusus dalam pembanguna rumah layak huni telah digunakan dengan baik dilihat dari terwujudnya bangunan rumah yang telah dinikmati fasilitasnya oleh masyarakat; Kedua, faktor – faktor penghambat dalam proses pelaksanaan dana otonomi khusus dalam program pembangunan rumah layak huni terdiri dari susahnya melepaskan tanah adat, masih lemahnya tata kelola keuangan, masih banyaknya peperangan suku yang menyebabkan kurang efisiennya pengiriman barang material; Ketiga, upaya yang dilakukan adanya dasar hukum  pelaksanaan dana otonomi khusus, dilakukan penghentian pembangunan, aparatur melakukan mediasi untuk pembebasan tanah.