Selain nilai moral dan kecerdasan, ada nilai kecerdasan satu lagi yang memang harus diterapkan dan memang harus ditanamkan kepada generasi penerus yakni kecerdasan spiritual pendidikan agama islam.Manajemen peserta didik berbasis kecerdasan spiritual pendidikan islam merupakan upaya yang dilakukan oleh suatu lembaga pendidikan dalam mengatur suatu kegiatan agar peserta didiknya memiliki kecerdasan baik emosional, intelegency bahkan diharapkan mampu memiliki kecerdasan spiritual. Manajemen peserta didik berbasis kecerdasan spiritual pendidikan islam dilakukan dengan dua cara yakni kecerdasan spiritual dilingkungan sekolah dan di luar sekolah.