Pemikiran Islam di Indonesia mengalami perkembangan yang sangat pesat.NU dan Muhammadiyah sebagi lokomotif perubahan di Indonesia memiliki peran sangat besar dalam upaya mengahadirkan pembacaan baru atas nama agama agar bisa dikomunikasikan dengan realistis perubahan dan tantangan zaman. Muncul gerbang pemikiran dari arus wacana NU dan Muhammadiyah,seperti Islam liberal,Islam pribumi,dan Islam transformatif,adalah bertujuan ingin membebaskan Islam agar mampu menjawab modernitas.