Perbedaan endemisitas malaria antar desa dalam kecamatan yang sama mungkin berkaitan dengan perbedaan infektivitas dari Anopheles sp. Tujuan penelitian ini ialah untuk memeriksa proporsi spesies yang positif sporozoit atau infektivitas spesies (IS) dan proporsi sampel yang positif sporozoit atau indeks sporosoit total (IST) dari sebuah desa endemik tinggi (DET) dan sebuah desa endemik rendah (DER) di Kecamatan Kokap, Kabupaten Kulon Progro, Jawa Tengah. Empat spesies nyamuk Anopheles diperiksa, diantaranya Anopheles vagus Donitz, Anopheles maculatus (Theobald), Anopheles balabacensis Baisan, dan Anopheles aconitus Donitz. Nyamuk Anopheles sp. dikumpulkan secara serentak di dua desa, masing-masing lima kali selama Oktober–Desember 2013, dengan interval dua minggu, menggunakan metode resting collection. Pengumpulan nyamuk dilakukan setiap jam (@ 50 menit) di tiga rumah oleh dua kolektor per rumah (satu di dalam dan satu di luar), dari jam 18:00 sampai jam 06:00. Nyamuk betina parous diperiksa menggunakan metode Multiplex-PCR untuk mendeteksi keberadaan sporozoit. Pemeriksaan 77 sampel DNA menunjukkan bahwa IS dan IST kedua desa tersebut (49 DET dan 28 DER) berbeda nyata dengan rasio IS 66,7% : 33,3% dan rasio IST 20,41% : 3,57% (OR = 6,9; CI95% = 0,87 sampai 57,29; p = 0,021). Temuan ini mengindikasikan bahwa suatu transmisi malaria intensitas tinggi masih memungkinkan timbul di DET dan karenanya dibutuhkan suatu tindakan pengendalian vektor yang spesifik wilayah.