Penerapan Sistem Informasi Rumah Sakit (SIM RS) berbasis komputer semakin menjadi tuntutan, namun implementasinya memerlukan upaya lebih dari sekedar pengembangan SIM RS. Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui faktor penghambat pelaksanaan SIM RS di Rumah Sakit Umum Daerah Blambangan Kabupaten Banyuwangi yang telah mengembangkan SIM RS. Penelitian ini merupakan penelitian deskriptif kualitatif dengan wawancara dan observasi sebagai petode pengambilan data pada periode September hingga Oktober 2014. Analisis akar masalah menggunakan fishbone melalui brainstorming, kemudian disepakati akar masalah yang paling penting dan dipilih alternatif solusi yang paling efektif, relatif murah, mudah dan bisa dikerjakan dalam waktu. Hasil penelitian mengidentifikasi tiga akar masalah utama kelengkapan standar prosedur operasional (SPO), kejelasan tugas pokok dan fungsi, serta supervise yang belum efektif sebagai penyebab belum optimalnya SIMRS secara maksimal. Sebagai langkah awal RS telah mengembangkan 12 SPO melalui proses pengkajian dan uji coba yang akan ditindaklanjuti dengan evaluasi implementasi berkelanjutan. Kata Kunci: Faktor penghambat, implementasi, SIM RS, standar prosedur operasional