Kesenjangan wilayah di Indonesia dipandang relatif masih cukup tinggi, khususnya kesenjangan pembangunan antara Kawasan Barat Indonesia dan Kawasan Timur Indonesia. Di samping itu juga terdapat kesenjangan antara wilayah desa dan kota. Kesenjangan pembangunan antara desa-kota maupun antara kota-kota perlu ditangani secara serius untuk mencegah terjadinya urbanisasi, yang pada gilirannya akan memberikan beban dan masalah sosial di wilayah perkotaan. Pada dasarnya kesenjangan pembangunan antarwilayah merupakan aspek yang umum terjadi dalam kegiatan ekonomi suatu wilayah. Terjadinya ketimpangan antarwilayah ini berimplikasi terhadap tingkat kesejahteraan masyarakat antarwilayah, yang dapat mengganggu stabilitas keamanan negara akibat kecemburuan masyarakat terutama yang berasal dari daerah dengan tingkat kesejahteraan lebih rendah. Pelaksanaan otonomi daerah pada dasarnya bertujuan agar daerah terdorong untuk kreatif dalam mengelola sumber daya yang dimilikinya dalam melakukan pembangunan sesuai dengan kebutuhan dan karakteristik masing-masing daerah. Bila hal ini dapat dilakukan, maka proses pembangunan daerah secara keseluruhan akan dapat lebih ditingkatkan dan secara bersamaan ketimpangan pembangunan antar wilayah dapat pula dikurangi.