Sistem biofilter anaerobik merupakan salah satu alternatif teknologi yang dapat diaplikasikan untuk menangani limbah cair Rumah Potong Ayam (RPA). Penelitian ini bertujuan untuk: 1) mengidentifikasi karakteristik limbah cair RPA dan 2) mengkaji efisiensi penyisihan kadar BOD dan COD dengan sistem biofilter anaerobik menggunakan media batu apung. Penelitian dilaksanakan selama 10 hari dengan adanya variasi volume reaktor yaitu 30 cm x 30 cm x 60 cm, 25 cm x 25 cm x 60 cm, and 20 cm x 20 cm x 60 cm. Penelitian dilaksanakan secara duplo sehingga dibutuhkan 6 buah reaktor yang terbuat dari bahan akrilik. Parameter yang diukur dalam penelitian ini adalah nilai suhu, pH, kadar BOD, dan COD limbah cair RPA. Hasil penelitian menunjukkan bahwa kadar BOD dan COD awal limbah RPA berturut-turut mempunyai nilai 1,65 mg/L dan 2,60 mg/L, dimana nilai ini melebihi baku mutu air limbah menurut Peraturan Gubernur Jatim Nomor 72 Tahun 2013 Tentang Baku Mutu Air Limbah Bagi Industri dan/ atau Kegiatan Usaha Lainnya. Penyisihan kadar BOD pada limbah cair RPA dengan menggunakan reaktor biofilter anaerobik bermedia batu apung sebesar 94%, sedangkan penyisihan kadar COD mencapai 96%.