Pantai Pancuran adalah salah satu lokasi konservasi padang lamun di Taman Nasional Karimunjawa dengan vegetasi padang lamun. Penelitian ini dilaksanakan pada bulan April 2018 dengan tujuan untuk mengetahui hubungan jarak dan kedalaman dengan struktur komunitas lamun yang meliputi kerapatan dan indeks keanekaragamannya. Materi yang digunakan adalah lamun, dengan menggunakan metode deskripsi eksploratif yang bersifat observasi dengan objek yang diteliti di lapangan. Teknik pengambilan sampel menggunakan kuadran transek ukuran 1x1 meter yang tersebar di 3 stasiun berdasarkan jarak dan kedalaman serta terdapat 6 plot pada setiap stasiunnya. Parameter lingkungan yang diamati meliputi jarak dan kedalaman, nitrat dan fosfat sedimen, salinitas, suhu, derajat keasaman (pH), kecerahan, kecepatan arus, pasang surut, dan karakteristik sedimen. Hubungan jarak dan kedalaman dengan struktur komunitas lamun diproses menggunakan analisis regresi dan korelasi. Hasil penelitian ini didapatkan 6 jenis lamun yaitu Thalassia hemprichii, Cymodocea rotundata, Halophila ovalis, Syringodium isoetifolium, Enhalus acoroides, dan Halodule pinifolia. Karakteristik sedimen didominasi oleh pasir halus sebanyak 34,960 %. Korelasi jarak dan kedalaman dengan struktur komunitas lamun diperoleh nilai                 (r = -0,717) pada kerapatan dan ( r = 0,894) pada indeks keanekaragaman.                  Pancuran Beach is one of the seagrass conservation areas in Karimunjawa National Park. This study was conducted in April 2018, in order to investigate the relation of distance and depth on the structure of seagrass community which included the density and index of diversity. The method used in this study is seagrass, using explorative description method that is observation to the object study in the field. The sampling technique uses a 1x1 meter transect quadrant spread over 3 stations based on distance and depth with includes 6 plots at each station. Environmental parameters observed include distance and depth, sediment of nitrate and phosphate, salinity, temperature, acidity (pH), brightness, current velocity, tides, and sediment characteristics. The relationship between distance and depth on the structure of seagrass community processed by regression and correlation analysis . The results of the study found 6 types of seagrass, there were Thalassia hemprichii, Cymodocea rotundata, Halophila ovalis, Syringodium isoetifolium, Enhalus acoroides, and Halodule pinifolia. Sediment characteristics were dominated is fine sand of 34.960%. The correlation of distance and depth on the structure of seagrass community resulted a value (r = -0,717) for density and  (r = 0,894) for index of diversity.