Penelitian ini di latar belakangi oleh kondisi kinerja instansi pemerintah yang didalamnya terdapat hak dan juga kewajiban untuk memberikan pertanggungjawaban terhadap kinerjanya yang sudah dilakukan dari berbagai upaya yang  berguna untuk memaksimalkan tujuan organisasi yang telah ditetapkan terlebih pada Dinas Pendidikan Kabupaten Sumenep yang merupakan salah satuan kerja instansi pemerintah di bidang pendidikan dan juga sebagai pengelola program bupati wajib diniyah yang tercantum dalam Perbup No 15 Tahun 2016 Tentang Wajib Belajar Pendidikan Madrasah Diniyah. Tujuan penelitian ini untuk menganalisa Akuntabilitas Kinerja Pengelolaan Program Wajib Madrasah Diniyah di Dinas Pendidikan Kabupaten Sumenep. Penelitian ini menggunakan metode penelitian deskriptif kualitatif dengan teknik analisa data Miles dan Huberman dalam Sugiyono (2015: 246-253). Fokus penelitian ini yaitu efektif, efisien, responsif, dan transparansi instansi pemerintah yang dikaji berdasarkan Peraturan Presiden Nomor 7 tahun 1990 terkait Akuntabilitas Kinerja Instansi Pemerintah (AKIP) dalam (Moeheriono, 2012:101). Hasil penelitian menunjukkan bahwapada konteks efektif: pencapaian tujuan rencana kerja satu tahun 90% telah terlaksana, akan tetapi jika dilihat pada konteks efisien penyerapan anggaran 10% belum menghasilkan manfaat, pada konteks responsif masih belum ada tindak lanjut dari kendala penyelengara, dan transparansi masih belum maksimal dalam memanfaatkan media informasi baik cetak ataupun noncetak. Sehingga saran peneliti adalah evaluasi pada kendala intensif ustad/ustadzah, mengikut sertakan masyarakat dalam menentukan belanja anggaran, melakukan pertemuan rutin dengan penyelnggara wajib diniyah, menerbitkan laporan kinerja baik baik cetak ataupun elektronik.