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ヴェルナー・ハイゼンベルク学術章 (ドイツ語: Werner Heisenberg-Medaille) は、ドイツの研究助成機関であるアレクサンダー・フォン・フンボルト財団が、自薦に拠らず、固有の選考を通じて、各国にて国際学術交流に多大な貢献を為したと認められる研究者に授与する徽章。ノーベル賞受賞者であり、同財団初代理事長であるヴェルナー・ハイゼンベルクの名が冠せられている。