1642年、見習士官としてインドに向かって出帆。翌年、植民地総督アントニオ・ヴァン・ディーメンおよびコーネリス・ヴァン・デア・レイン(Cornelis van der Lijn)の助手となった。1648年にはマーチャント補佐、1651年にはマーチャントに昇進した。この間、3度にわたってバタヴィア法廷の一員となっている。1653年には広東に出向き、貿易再開交渉を行ったが、明帝国崩壊後の内戦のために、失敗に終わった。
1660年、ヴァグナーはマカッサルのスルタンとの平和交渉に関わった。港には2000人のポルトガル人の貿易商人がおり、何年にもわたってモルッカでのオランダの香辛料貿易に脅威を与えていた。翌年には、バタヴィアの公共事業の責任者となった。1662年、家族、5人の奴隷、2頭の馬を引き連れて喜望峰に赴いた[7]。5月6日に、ヤン・ファン・リーベックの後を受けてケープ植民地の総督となった。1663年12月に、バタヴィアに対し、ペルシャの陶器を送るように依頼している[8]。彼はまたコイコイ人と家畜の供給に関して交渉を行なっている[9]。ヴァグナーは部族間の抗争から距離を置き、厳正中立を保つという彼のポリシーをつらぬいた。5年の研究の後、ドイツ人のゲオルク・フリードリヒ・ヴレーデ(Georg Friedrich Wreede)はオランダ語とコイコイ語の簡易辞書を作成した[10]。ヴァグナーは彼をモーリシャスに任じた。
Thier Buch / darinnen / viel unterschiedlicher Arter der Fische vögel vierfüssigen Thiere Gewürm, Erd= und / Baumfrüchte, so hin undt wieder in Brasilischen bezirck, und gebiethe, Der Westindischen Com / pagnie zu schauwen undt anzutreffen und daher in den Teutschen landen fremde und unbekant / Alles selbst [...] bezeiget / In / Brasilien / Unter hochlöblicher Regierung des hochgebornen / Herren Johand Moritz Graffen von Nassau / Gubernator Capitain, und Admiral General / von / Zacharias Wagenern / von Dresden. (Kupferstichkabinett, Dresden)
Roelof van Gelder: Das ostindische Abenteuer – Deutsche in Diensten der Vereinigten Ostindischen Kompanie der Niederlande (VOC) 1600–1800. Aus dem Niederländischen von Stefan Häring. Hamburg: Convent-Verlag, 2004.
Wolfgang Michel: »Der Ost-Indischen und angrenzenden Königreiche, vornehmste Seltenheiten betreffende kurze Erläuterung« – Neue Funde zum Leben und Werk des Leipziger Chirurgen und Handelsmanns Caspar Schamberger (1623–1706). Kyushu University, The Faculty of Languages and Cultures Library, No 1. Fukuoka: Hana-Shoin, 2010, S. 57–60. (ISBN 978-4-903554-71-6), hdl:2324/16846
E. C Godee Molsbergen: "Reizen in Zuid-Afrika in de Hollandse tijd (Werken uitg. door de Linschoten-Vereeniging ; 11-12, 20)", Martinus Nijhoff (1976), ISBN 978-9024719082
Rebecca Parker Brienen: Visions of savage paradise – Albert Eckhout, court painter in colonial Dutch Brazil. Amsterdam: Amsterdam University Press, 2006.