Lehrbuch der historischen Methode und der Geschichtsphilosophie. 5. und 6. Auflage/Ausgabe. Duncker & Humblot, Leipzig 1908 (Digitalisat im Internet Archive) (zuerst als: Lehrbuch der historischen Methode. Mit Nachweis der wichtigsten Quellen und Hülfsmittel zum Studium der Geschichte. Duncker & Humblot, Leipzig 1889; vgl. Digitalisat der 3. und 4. Auflage 1903).
Lokalgeschichte und Heimatkunde in ihrer Bedeutung für Wissenschaft und Unterricht. In: Pommersche Jahrbücher. Band 1, 1900, S. 15–32.
Das Wormser Konkordat und seine Vorurkunden hinsichtlich Entstehung, Formulierung, Rechtsgültigkeit. Breslau 1906 (Neudruck: Scientia-Verlag, Aalen 1970, ISBN 3-511-04081-7).
Auswahl europäischer Verfassungsurkunden von 1791 bis 1871. Bruncken, Greifswald 1910 (
Ausgewählte Urkunden zur außerdeutschen Verfassungsgeschichte seit 1776, 2. vermehrte Auflage (1913).
Ausgewählte Urkunden zur Brandenburgisch-Preussischen Verfassungs- und Verwaltungsgeschichte, 1. Teil: 15.–18. Jahrhundert, 2. stark vermehrte Auflage (1914).
Ausgewählte Urkunden zur Brandenburgisch-Preussischen Verfassungs- und Verwaltungsgeschichte, 2. Teil 1806–1849, 2. stark vermehrte Auflage (1915).
(Hrsg. mit Wilhelm Altmann): Ausgewählte Urkunden zur Erläuterung der Verfassungsgeschichte Deutschlands im Mittelalter. Zum Handgebrauch für Juristen und Historiker, Gaertner, Berlin 1891; Weidmann, 5. Aufl., Berlin 1920.
Einleitung in die Geschichtswissenschaft. Göschen, Leipzig 1905 (= Sammlung Göschen, Bd. 270; verkürzte Wiedergabe von Bernheims Lehrbuch; Digitalisat der Ausgabe 1907).
Mittelalterliche Zeitanschauungen in ihrem Einfluss auf Politik und Geschichtsschreibung. Tübingen 1918 (Neudruck: Scientia-Verlag, Aalen 1964).
Irene Blechle: „Entdecker“ der Hochschulpädagogik. Die Universitätsreformer Ernst Bernheim (1850–1942) und Hans Schmidkunz (1863–1934). Shaker, Aachen 2002 (= Berichte aus der Pädagogik), ISBN 3-8265-9943-8.
Knut Langewand: Historik im Historismus. Geschichtsphilosophie und historische Methode bei Ernst Bernheim. Lang, Frankfurt am Main u. a. 2009 (= Europäische Hochschulschriften. Reihe 3: Geschichte und ihre Hilfswissenschaften 1059), ISBN 978-3-631-58135-3.
Joachim Laczny: Von Ernst Bernheim nach Bologna. Oder: Vom „gediegenen fachtechnischen Können“ zu „Historischen Kompetenzen“. In: Auskunft. Zeitschrift für Bibliothek, Archiv und Information in Norddeutschland. Band 33, 2 (2013), ISSN0720-7123, S. 309–347.
Mircea Ogrin: Ernst Bernheim (1850–1942). Historiker und Wissenschaftspolitiker im Kaiserreich und in der Weimarer Republik. Steiner, Stuttgart 2012, ISBN 978-3-515-10047-2.
Volker Schimpff: 100 Jahre Ernst Bernheims „Lehrbuch der historischen Methode“. In: Neue Museumskunde 33 (1990), ISSN0028-3282, S. 315–319.
Hans Schleier: Ernst Bernheims Historik in seinem „Lehrbuch der historischen Methode“. In: Wolfgang Küttler (Hrsg.): Das lange 19. Jahrhundert. Personen, Ereignisse, Ideen, Umwälzungen. Ernst Engelberg zum 90. Geburtstag. Halbband 1. Trafo-Verlag, Berlin 1999 (= Abhandlungen der Leibniz-Sozietät 1), ISBN 3-89626-158-4, S. 275–292.
Irene Blechle, Entdecker der Hochschulpädagogik. Die Universitätsreformer Ernst Bernheim und Hans Schmidkunz. Shaker Verlag, Aachen 2002, ISBN3-8265-9943-8, pp. 29ff (youth); pp. 332ff (Nazi era)
