La Serie A1 1998-99 è stata l'80ª edizione della massima serie del campionato italiano maschile di pallanuoto.
In questa edizione il campionato è tornato a 12 squadre; è stata sperimentata una nuova formula che è stata, però, immediatamente abbandonata: dopo la prima fase le prime otto si sono qualificate per due gironi supplementari per giocarsi l'accesso alla Final Four, mentre le ultime quattro hanno disputato un girone di Play-out per giocarsi la salvezza.
La Final 4 si è giocata a Roma e ha visto i padroni di casa superare in finale il Posillipo, che hanno così conquistato il secondo scudetto della loro storia a quarantacinque anni di distanza da quello precedente.
La stagione è stata segnata da una pesante penalizzazione inflitta proprio ai due club finalisti, classificatisi ai primi due posti della stagione regolare: in questa fase lo scontro diretto tra Posillipo e Roma che avrebbe determinato la prima in classifica, è stato giocato da entrambe le formazioni "a perdere", in quanto i due club volevano evitare di ritrovare in semifinale la squadra terza classificata (il Pescara), come prevedeva la formula. La penalizzazione era originariamente di 14 punti a testa, con lo 0-5 a tavolino per entrambe nella gara in questione, ma è stata in seguito ridotta a 10 punti dalla CAF, con mantenimento della sconfitta a tavolino[1][2][3][4].
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