Il pantheon fu realizzato per volere di Ferdinando II, trasformando l'antico refettorio del monastero nell'attuale luogo di sepoltura. La maggior parte delle tombe si trova ai lati del pantheon mentre le tombe nella navata centrale sono quelle appartenenti a Carlo I, Luigi Filippo, Manuele II e la regina Amelia d'Orléans.
L'imperatrice Amelia del Brasile, seconda moglie dell'imperatore Pietro I del Brasile e sepolta nel Pantheon dal 1873 al 1982, quando le sue spoglie furono trasferite nella Cripta Imperiale e nella Cappella del Monumento all'Indipendenza del Brasile a San Paolo.
La principessa Maria Amelia del Brasile, unica figlia del re Pietro IV dal suo secondo matrimonio, concepita dopo la sua abdicazione alla corona portoghese e nata in Europa dopo la sua abdicazione alla corona brasiliana, fu sepolta nel Pantheon dal 1853 al 1982, quando le sue spoglie furono trasferite nel Mausoleo Imperiale del Convento di Sant'Antonio a Rio de Janeiro, dove è sepolta accanto a molti altri principi e principesse discendenti dagli imperatori del Brasile.
Re Carlo II di Romania, morto in Portogallo in esilio, e sua moglie Magda Lupescu (la coppia si era sposata dopo la sua abdicazione) furono sepolti nel pantheon prima del ritorno dei loro corpi in Romania nel 2003. Ora sono sepolti nella cattedrale di Curtea de Argeș, insieme ad altri reali rumeni.
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