Il museo si sviluppa in varie sale su diversi livelli, dove sono presentate opere differenziate per tipologia, scuola e provenienza.
Sezione archeologica
L'itinerario espositivo inizia a pian terreno con la sezione archeologica presenta vari reperti marmorei, per la maggior parte, di destinazione funeraria, fra cui di particolare rilievo:
Il museo presenta opere molto eterogenee di artisti prevalentemente veneti, fra cui Padovanino, Rocco Marconi, Palma il Giovane, Andrea Celesti ed altri. Tra le opere esposte di particolare rilievo:
Gesù Cristo discende al limbo e Martirio di san Tommaso Becket (1260 ca.), affreschi, di un anonimo pittore veneziano, staccati dalle pareti dell'Episcopio;
due rilievi in alabastro (XIV secolo) di manifattura inglese.
Paramenti sacri e tessuti
Di grande rilievo anche la raccolta di paramenti sacri, arricchita anche da alcuni ricordi di papa Pio X, originario della provincia trevigiana. Di particolare rilievo:
tessuti e ricami (XV - XIX secolo), tra cui vanno segnalati i camici decorati con merletti di Burano;
un piviale (XVII secolo) di damasco rosso e broccato di manifattura veneziana;
una tonacella (XVIII secolo), di provenienza veneziana.