Nei secoli la comunità greca ha raccolto un'importante collezione di preziose opere d'arte religiose che comprende iconebizantine e post bizantine, manoscritti, oggetti di valore accumulati durante la lunga storia dei greci residenti a Venezia.
In particolare, il museo comprende delle pregevoli icone bizantine portate a Venezia da Costantinopoli nel XV secolo da Anna Notara.
L'arte post-bizantina qui esposta appartiene invece alla scuola pittorica cretese che si è evoluta dal XV al XVII secolo, con decine di quadri di noti pittori dell'epoca tra i quali: Giovanni Apakà, Tommaso Batha, Michele Damasceno, Benedetto Emporio, Frangia Kavertza,
Giorgio Klontza, Emmanuel Lampardo, Giovanni Mosco, Teodoro Poulaki, Constantino e Emmanuel Tzanes, Emmanuele Tzanfournari.
Tra i tanti manoscritti, in particolare il museo espone anche un prezioso Vangelo in pergamena del XIII secolo illustrato da 250 miniature con didascalie in scrittura paleo-ottomana e un papiro risalente al periodo di Giustiniano proveniente da Ravenna.
Tra i vari cimeli composti da oggetti rituali religiosi e paramenti sacri usati dai patriarchi ortodossi tutti decorati in oro e argento, è esposto anche un vangelo stampato del XVIII secolo rilegato in velluto con placche in argento fuso.
Dal 1678 fino all'inizio del XX secolo l'edificio che ora ospita il museo fungeva anche da ospedale per curare i membri della confraternita greca ortodossa veneziana.
L’Istituto Ellenico di studi Bizantini e post Bizantini di Venezia ha ereditato la notevole collezione d'arte dalla comunità greca ed ha inaugurato nel 1959 il Museo delle Icone, ristrutturandolo nel 1999.