È stato il cantante degli Eruption, gruppo death metal che formò nel 1988. Dopo che gli Eruption si sciolsero nel 1990 fondò gli Opeth come bassista, insieme a David Isberg alla voce. Quando David Isberg lasciò gli Opeth, Mikael lo rimpiazzò come cantante e inoltre prese il ruolo di chitarrista.
Mikael ha collaborato con altri gruppi svedesi prestando la sua voce growl, considerata una delle migliori del genere. Ha inciso le voci addizionali dell'album Crimson degli Edge of Sanity. Ha poi cantato come voce principale in Brave Murder Day e in Sounds of Decay dei Katatonia. Ha cantato interpretando Fear (la Paura) nella rock opera The Human Equation degli Ayreon.
Insieme a Dan Swanö ha creato un progetto chiamato Sörskogen con il quale ha registrato una sola canzone e nel quale ha cantato in svedese e suonato la chitarra, poi diventata To Rid The Disease inserita nell'album Damnation.
Sempre insieme a Dan Swanö, ma con anche la partecipazione di Anders Nordin alla batteria e Peter Lindgren al basso, ha creato un progetto dal nome Steel con il quale ha prodotto un unico EP nel 1998 chiamato Heavy Metal Machine, caratterizzato da atmosfere heavy metal tipiche degli anni 80.[1]
Il 15 agosto 2003 Mikael ha sposato Anna Sandberg, sua fidanzata da lungo tempo. Il 13 settembre 2004 hanno avuto la prima figlia, che hanno chiamato Melinda come la protagonista del concept album degli Opeth Still Life, mentre il 28 ottobre 2007 è nata la secondogenita, Mirjam Ebba Maria. Nel 2016, durante un'intervista con la rivista online The Quietus[2], Akerfeldt ha rivelato di aver divorziato.