Nel 1920 fu nominato da Tichon Metropolita degli Altaj. Morì il 2 marzo 1926 a 90 anni. Il suo corpo, inizialmente sepolto a Kotel'niki, fu traslato, secondo alcuni ancora incorrotto, nel monastero della Trinità di San Sergio a Sergiev Posad.
Nel 2000 fu canonizzato da Alessio II.
Il 31 agosto 2016, alla presenza del Patriarca Cirillo I, le reliquie di San Macario II sono state trasferite nella Chiesa di San Macario Glucharëv di Gorno-Altajsk (nella quale visse per buona parte della sua vita), in attesa del completamento dei lavori della Cattedrale cittadina.[1][2][3]