La compagnia aerea fu fondata da Mehmet Nazif Gunal nel 1997 ed iniziò le operazioni il 30 novembre 1997. I servizi transatlantici iniziarono nel 1998 con un volo da Francoforte a Toronto, seguito da servizi di linea verso gli Stati Uniti l'8 novembre 1998. A metà del 2002, vennero aggiunti anche servizi passeggeri. Nel 2005, la MNG ha vinto un premio dalla Airbus per il 100% di affidabilità sul Airbus A300, modello vecchio di 30 anni. Il 6 febbraio 2006, la MNG cessò tutti i voli passeggeri, continuando ad operare solo i voli cargo. Nel 2008, la MNG Airlines ha acquisito la società cargo slovena Solinair.