Segretario del cardinale Leopoldo de' Medici, nel 1660 fu nominato segretario dell'Accademia del Cimento (fondata dal cardinale nel 1657). Fece parte anche dell'Accademia della Crusca e dell'Accademia dell'Arcadia col nome di Lindoro Elateo. Dall'esperienza al Cimento nacquero i Saggi di naturali esperienze, ossia le relazioni dell'attività dell'Accademia del Cimento dal 1662 al 1667 (anno in cui l'Accademia fu sciolta)[2].
Dal 1667 passò al servizio di Cosimo III de' Medici, granduca di Toscana, iniziando così un'attività diplomatica che lo portò a una lunga serie di viaggi per tutta l'Europa (raccolse in diverse opere le sue vivaci e brillanti relazioni di viaggio). Nel 1675 ottenne il titolo di conte e la nomina ad ambasciatore residente a Vienna, sede dalla quale venne improvvisamente rimosso nel 1678 per ragioni rimaste ignote e legate verosimilmente a dissensi di natura politica col granduca. Si ritirò allora a vita privata nei suoi possedimenti e successivamente chiese di entrare a far parte della Confederazione dell'Oratorio di San Filippo Neri; ma si pentì anche di questa decisione, e si ritirò definitivamente nella sua villa di Lonchio.
Pubblicò anche vari scritti di divulgazione scientifica, da cui traspare la sua particolare attenzione per la filosofia naturale di Galileo.
Opere
Canzonette anacreontiche di Lindoro Elateo, pastore arcade, 1723.
Delle lettere familiari del conte Lorenzo Magalotti e di altri insigni uomini a lui scritte, Firenze, 1769.
Diario di Francia dell'anno 1668, a cura di M.L. Doglio, Palermo, Sellerio, 1991
La donna immaginaria, canzoniere del conte Lorenzo Magalotti con altre di lui leggiadrissime composizioni inedite, raccolte e pubblicate da Gaetano Cambiagi al nobilissimo signore Vincenzo Maria Alamanni patrizio fiorentino marchese di Trentola, e Barone di Loriano (Nel regno di Napoli, oggi Marcianise) ecc., Lucca 1762.
Lettere del conte Lorenzo Magalotti gentiluomo fiorentino dedicate all'Ecc.mo e Clar.mo Sig. Senatore Carlo Ginori Cav. dell'Ordine di S. Stefano, Segretario delle Riformagioni e delle Tratte, Lucca 1736.
Lettere familiari (parte I) contro l'ateismo, Venezia 1719.
Lettere odorose, a cura di E. Falqui, Milano 1943.
Lettere scientifiche, ed erudite del conte Lorenzo Magalotti gentiluomo trattenuto, e del Consiglio di Stato dell'Altezza Reale del Serenissimo Granduca di Toscana, Firenze 1727.
Opere dei discepoli di Galileo Galilei, ed. naz. a cura di G. Abetti e P. Pagnini, vol. I, dedicato all'Accademia del Cimento, Firenze. 1942.
Saggi di naturali esperienze fatte nell'Accademia del cimento sotto la protezione del Serenissimo Principe Leopoldo di Toscana e descritte dal Segretario di essa Accademia, Milano 1806.
Scritti di corte e di mondo, a cura di Enrico Falqui, Roma 1945.
Varie operette del conte Lorenzo Magalotti con giunta di otto lettere su le terre odorose d'Europa e d'America dette volgarmente buccheri ora pubblicate per la prima volta, Roma. 1825.
^Saggi di naturali esperienze fatte nell'Accademia del Cimento sotto la protezione del serenissimo principe Leopoldo di Toscana e descritte dal segretario di essa Accademia, In Firenze: per Giuseppe Cocchini all'Insegna della Stella, 1666
^La donna immaginaria canzoniere del celebre conte Lorenzo Magalotti ora per la prima volta dato alla luce e dedicato alle nobilissime dame italiane, in Firenze: appresso Andrea Bonducci, 1762
^Canzonette anacreontiche di Lindoro Elateo pastore arcade, in Firenze : per Gio. Gaetano Tartini, e Santi Franchi, 1723
^Il sidro poema in due canti di Giovanni Filips tradotto dall'inglese in toscano dal celebre conte Lorenzo Magalotti ora per la prima volta stampato con altre traduzioni, e componimenti di vari autori, in Firenze: appresso Andrea Bonducci, 1749
^Charles de Marguetel de Saint-Denis de Saint-Évremond, Opere slegate : precedute da un carteggio tra Magalotti e Saint-Évremond, tradotte in toscano da Lorenzo Magalotti, edizione critica a cura di Luigi De Nardis, Roma: Edizioni dell'Ateneo, 1964
Elogio storico del conte Lorenzo Magalotti nell'edizione de La donna immaginaria canzoniere del conte Lorenzo Magalotti con altre di lui leggiadrissime composizioni inedite, raccolte e pubblicate da Gaetano Cambiagi, In Lucca: nella stamperia di Gio. Riccomini, pp. XIII-XLV, 1762 [1].
Felice Del Beccaro, Magalotti, Lorenzo (1637-1712), in Vittore Branca (a cura di), Dizionario critico della letteratura italiana, Torino, UTET, 1973, vol. II, 466-470.