Jon Jost trascorse la sua infanzia a seguito del padre militare, crescendo in varie località degli Stati Uniti, in Giappone, Italia e Germania. Ebbe un'adolescenza difficile: fu espulso dal suo college e scontò tre mesi in prigione per renitenza alla leva[1]. Successivamente iniziò a realizzare come autodidatta dei cortometraggi. Divenne ben presto impegnato in attività politiche, partecipando alla creazione della sezione di Chicago di Newsreel, collettivo indipendente di produzione e distribuzione cinematografica, e alla Chicago Film Coop. Il suo primo lungometraggio, intitolato Speaking Directly, fu realizzato nel 1974.
Vita privata
Jost ha avuto una figlia, Clara, con la regista portoghese Teresa Villaverde; la bambina è stata oggetto di una controversia legata al film della Villaverde Acqua e sale[2].