Jennie Livingston nacque a Dallas in Texas ma crebbe a Los Angeles, dove la sua famiglia si trasferì quando lei aveva due anni. È la minore di tre fratelli, ed ha due fratelli maggiori.[2] Dopo il college[3] si laureò alla Yale University nel 1983, dove studiò fotografia, disegno e pittura. Uno dei suoi insegnanti a Yale fu il fotografo Tod Papageorge. Dopo la laurea frequentò un corso estivo di cinematografia alla New York University nel 1984.[4] La Livingston è la nipote del regista Alan J. Pakula e collaborò con lui alla realizzazione del film Un ostaggio di riguardo del 1987. Pakula la incoraggiò a realizzare il suo primo film come regista.[5]
Sua madre, Myra Cohn Livingston, era una scrittrice di libri per l'infanzia in versi.[6] Suo padre, Richard Livingston, era un contabile e autore del libro per bambini The Hunkendunkens. Suo fratello Jonas era un dirigente musicale[7] alla Geffen Records e alla MCA Records,[8] e diresse il video per la canzone What I Am di Edie Brickell & New Bohemians nel 1988.[9] Un altro suo fratello è Joshua.[10] Jennie si trasferì a New York nel 1985, e fu un'attivista per l'AIDS partecipando al gruppo ACT UP. È dichiaratamente omosessuale e vive a Brooklyn.[11]
Suo padre morì di malattie cardiache nel 1990, sua madre e sua nonna morirono entrambe di cancro a pochi mesi l'una dall'altra nel 1996. Due anni dopo, suo zio Alan J. Pakula morì in un incidente d'auto,[12] e suo fratello Jonas morì improvvisamente agli inizi del 2000.[13] La perdita della sua famiglia e l'esperienza di dolore la portarono ad iniziare a lavorare al suo film Earth Camp One.[13]