Nel 1957 vince il concorso per l'opera di Sydney in Australia, dove nel 1962 si trasferisce per seguire meglio il cantiere. Dopo numerosi problemi con la committenza, si trova costretto ad abbandonare il progetto nel 1966 ed a lasciare l'Australia. Il progetto che ha subito numerose modifiche rispetto al progetto originario di Utzon, è stato poi ultimato da Peter Hall, David Littlemore e Lionel Todd. L'Opera House è stata inaugurata ufficialmente il 23 ottobre 1973 dalla regina Elisabetta II.
A partire dal 1985 i suoi figli Jan e Kim cominciano a collaborare con lui, e da quando Jørn Utzon si è ritirato proseguono l'attività dello studio Utzon Architects. Sono stati incaricati di seguire lo sviluppo e il restauro dell'Opera di Sydney, e soprattutto di progettare il completamento degli interni.
Muore a Copenaghen il 29 novembre 2008 per un infarto.[2]
1972-1982 - Parlamento del Kuwait (con Jan Utzon): bruciato dalle truppe irachene nel 1991, è stato restaurato con diverse modifiche rispetto all'edificio originale Foto.;
1973-1976 - Chiesa a Bagsværd, Danimarca Foto e Disegni (archiviato dall'url originale il 2 febbraio 2010).
1985-1987 - Showroom Paustian a Copenaghen, Danimarca
1987 - Cabine telefoniche per KTAS
1992-1997 - Teatro e sala di concerti a Esbjerg, Danimarca
1994 - Can Feliz a Maiorca, Spagna
Documentari
The Edge of the Possible. URL consultato il 4 ottobre 2017 (archiviato dall'url originale il 14 giugno 2005).: film che racconta la storia della Sydney Opera House
^Gold Medal, su dynamic.architecture.com.au, Australian Institute of Architects. URL consultato il 9 aprile 2017 (archiviato dall'url originale il 17 marzo 2017).
^1970s, su architecture.com, Royal Institute of British Architects. URL consultato il 9 aprile 2017 (archiviato dall'url originale il 9 aprile 2017).
^The Daylight Award, su veluxfoundations.dk, The Velux Foundations, 29 giugno 2015. URL consultato il 9 aprile 2017 (archiviato dall'url originale il 12 maggio 2017).